삼일회계법인, 기업 분할·합병 시 발생하는 세무 문제 완벽 정리 5가지

기업의 성장을 가속화하기 위해 분할이나 합병(M&A)을 고민하고 계신가요? 하지만 막상 시작하려니 복잡하게 얽힌 세금 문제 때문에 머리가 아파오시나요? 실제로 많은 기업이 세무 리스크 관리에 실패하여 거액의 세금을 추징당하거나, 당연히 누릴 수 있었던 절세 혜택을 놓치는 안타까운 상황을 겪곤 합니다. 마치 복잡한 지도 없이 낯선 길을 떠나는 것과 같죠. 이런 고민을 하는 분들을 위해, 삼일회계법인의 전문가적 시각으로 기업 분할·합병 시 반드시 짚고 넘어가야 할 핵심 세무 문제 5가지를 완벽하게 정리해 드립니다.

기업 분할 합병 성공을 위한 세무 핵심 요약

  • 분할·합병으로 인한 법인세, 양도소득세 등 즉각적인 세금 부담을 피하려면 세법상 ‘적격’ 요건을 충족하는 것이 가장 중요합니다.
  • 합병 대상 기업의 숨은 가치인 이월결손금과 세액공제를 제대로 승계해야 절세 효과를 극대화할 수 있습니다.
  • 분할·합병이 성공적으로 끝난 후에도 세법에서 정한 사후관리 의무를 지키지 않으면 이연받았던 세금을 한 번에 추징당할 수 있어 각별한 주의가 필요합니다.

삼일회계법인이 알려주는 M&A 세무 문제 완벽 가이드

기업의 미래가 걸린 중대한 의사결정인 만큼, M&A와 분할 과정에서 발생하는 세무 이슈는 초기 전략 수립 단계부터 면밀히 검토해야 합니다. 특히 재무자문, 세무자문 경험이 풍부한 전문가 그룹의 도움이 필수적입니다. 글로벌 회계·컨설팅 그룹 PwC의 멤버펌인 삼일회계법인은 수많은 기업의 M&A를 성공적으로 이끈 경험을 바탕으로, 기업이 놓치기 쉬운 세무 쟁점들을 짚어드립니다.

과세이연 혜택의 첫걸음 적격 요건 확인

기업 분할·합병 시 가장 큰 세무 부담은 자산 양도에 따른 법인세와 주주들의 양도소득세입니다. 하지만 세법에서는 기업의 구조조정을 원활하게 지원하기 위해 특정 요건을 충족할 경우 세금을 즉시 과세하지 않고 나중으로 미뤄주는 ‘과세이연’ 혜택을 부여합니다. 이를 ‘적격 합병’ 또는 ‘적격 분할’이라고 합니다. 이 요건을 충족하지 못하면 M&A 초기 단계부터 막대한 세금 폭탄을 맞을 수 있습니다.

적격 요건은 사업 목적성, 지분 연속성, 사업 연속성 등 여러 가지 까다로운 기준을 충족해야 합니다. 예를 들어, 합병의 경우 피합병법인 주주가 합병 대가의 80% 이상을 주식으로 받아야 하고, 합병 후에도 해당 사업을 계속 유지해야 하는 등의 조건이 붙습니다. 이 과정에서 삼일회계법인과 같은 전문 기관의 세무자문 서비스는 필수적이며, 세법 규정을 정확히 해석하고 딜(Deal) 구조를 설계하는 데 결정적인 역할을 합니다.

구분 적격 합병/분할 비적격 합병/분할
자산양도차익 법인세 과세 이연 (추후 자산 처분 시 과세) 즉시 과세
주주 의제배당/양도차익 과세 이연 (추후 주식 처분 시 과세) 즉시 과세 (소득세 또는 법인세)
핵심 요건 사업목적성, 사업계속성, 지분연속성 등 요건 없음

숨겨진 세금의 뇌관 합병 대가와 주식 평가

합병의 대가는 현금으로 지급될 수도 있고, 합병법인의 새로운 주식으로 지급될 수도 있습니다. 이때 주식의 가치를 얼마로 평가하느냐가 매우 중요한 세무 쟁점이 됩니다. 만약 비상장주식의 가치를 시가보다 낮게 평가하여 교부하면 부당행위계산부인 규정이 적용되어 추가적인 법인세가 과세될 수 있으며, 주주 간에는 증여세 문제가 발생할 수도 있습니다. 따라서 상속세 및 증여세법 등 관련 법규에 따른 정확한 기업가치평가가 선행되어야 합니다. 삼일회계법인의 딜 서비스 전문가들은 정교한 재무 모델링과 가치평가 모델링을 통해 객관적이고 신뢰성 있는 기업가치를 산정하여 세무 리스크를 최소화합니다.

절세 효과를 극대화하는 이월결손금 승계 전략

인수하려는 회사에 과거부터 쌓여온 세무상 결손금, 즉 ‘이월결손금’이 있다면 이는 매우 귀중한 자산이 될 수 있습니다. 합병 후 발생하는 이익과 상계하여 법인세를 줄일 수 있기 때문입니다. 하지만 이월결손금을 무조건 승계할 수 있는 것은 아닙니다. 세법에서는 합병 등기일 현재 피합병법인의 사업을 승계하여 계속 영위하는 경우에만 공제를 허용하는 등 여러 제한 규정을 두고 있습니다. 또한, 각종 세액공제나 감면 혜택 역시 승계 가능 여부를 꼼꼼히 따져봐야 합니다. 이러한 세무 자산을 최대한 활용하기 위해서는 M&A 전 재무실사 단계에서부터 공인회계사, 세무사의 정밀한 검토와 절세 전략 수립이 필요합니다.

의외의 복병 부가가치세 쟁점

많은 분들이 분할·합병 시 법인세나 소득세에만 집중하지만, 부가가치세 역시 예상치 못한 문제의 원인이 될 수 있습니다. 원칙적으로 사업에 사용되던 자산을 이전하는 것은 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세 대상입니다. 하지만 우리 세법은 ‘사업의 포괄적 양수도’에 해당할 경우, 이를 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세 납부 의무를 면제해 줍니다. 분할이나 합병은 대부분 사업의 포괄적 양수도에 해당하지만, 일부 자산이나 부채를 제외하거나 사업의 동질성이 유지되지 않는다고 판단될 경우 과세관청과 다툼이 발생할 수 있습니다. 특히, 이전가격 문제나 국제조세 이슈가 얽혀 있는 해외진출 기업의 M&A에서는 더욱 신중한 접근이 요구됩니다.

끝날 때까지 끝난 게 아니다 사후관리의 중요성

적격 합병·분할로 과세이연 혜택을 받았다고 해서 모든 것이 끝난 것은 아닙니다. 세법은 혜택을 받은 기업이 일정 기간 동안 특정 의무를 준수하도록 강제하는 ‘사후관리’ 규정을 두고 있습니다. 만약 이 기간 내에 승계받은 사업을 폐지하거나, 지배주주가 받은 주식의 대부분을 처분하는 등의 사유가 발생하면 이연받았던 세금이 이자상당액과 함께 한꺼번에 추징됩니다. 이는 기업의 재무 상태에 심각한 타격을 줄 수 있습니다.

  • 사업의 계속성 유지: 합병·분할로 승계한 고정자산의 1/2 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 사후관리 위반에 해당될 수 있습니다.
  • 고용 승계 및 유지: 합병·분할 후 일정 기간 동안 근로자 수를 일정 수준 이상으로 유지해야 하는 요건도 있습니다.
  • 지분 연속성 유지: 피합병법인의 지배주주가 교부받은 주식을 일정 기간 보유해야 합니다.

성공적인 합병 후 통합(PMI, Post Merger Integration) 과정에서 경영컨설팅을 통해 시너지를 창출하는 것만큼이나, 이러한 세무상 사후관리 요건을 내부통제 및 리스크 관리 시스템에 반영하여 지속적으로 모니터링하는 것이 중요합니다. 이는 투명성과 신뢰성을 바탕으로 한 지속가능경영의 기본이기도 합니다.